BYF716 - OPTO-BİYOFİZİKSEL YÖNTEMLER II
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| OPTO-BİYOFİZİKSEL YÖNTEMLER II | BYF716 | Güz | 2 | 2 | 3 | 9 |
| Önkoşul(lar)-var ise | Mülakat | |||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Seçmeli | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Tartışma Rapor Hazırlama ve/veya Sunma Deney | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Prof. Dr. Nuhan Puralı | |||||
| Dersin amacı | Öğrencileri, biyolojik yapı ve fonksiyonların belirlenmesinde kullanılan optik yeni nesil görüntüleme sistemleri hakkında bilgilendirmek, kayıt ve analiz yaklaşımları hakkında deneyim kazanmalarını sağlamak. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | Mikro ölçekli yapıları görerek ayırt etmeye yarayan cihaz ?Mikroskop? kanatime göre, isminde fonksiyonu en iyi tanımlanmış olan laboratuar cihazıdır. Bir diğer kanatime göre de mikroskop en yaygın laboratuar cihazlarından biridir. Doğal olarak, tüm diğer bilim alanlarında olduğu gibi temel tıp bilimlerinde de yaygın olarak kullanılmaktadır. Hücre, doku ve organların yapı ve fonksiyonlarının incelenmesinde mikroskop temelli görüntüleme yöntemleri günümüzde vavgeçilmez durumdadır. Çok farklı türde yöntem geliştirilmiş olmasına rağmen ışık mikroskobu noninvazif olması nedeniyle ayrı bir öneme sahiptir. Ancak, yakın zamana kadar kullanılan tüm ışık mikroskopisi yöntemleri iki sınır tarafından kısıtlanmıştı. Difraksiyon nedeniyle oluşan çözünürlük limiti ve büyük örnekleri taramaktaki fiziksel sıkıntılar. Yeni teknolojik gelişmeler sayesinde bu sorunlar ciddi ölçüde açılmıştır ve süper çözünür fluoresan mikroskoplar artık nanometre ölçeğine ulaşmışlar CLARITY ve Lightsheet yöntemleriyle tüm | |||||
| Kaynaklar | 1.Hücre elektrofizyolojisi ve Görüntülemenin Temelleri. Nuhan Puralı, Veri Medikal İstanbul 2008. 2.Fluorescence microscopy. Herman B. Springer-Verlag, 1998. 3.Confocal microscopy. Conn PM. In Methods in enzymology. Volume 307. 1999. 4. Optical Imaging Techniques in Cell Biology. Guy Cox. 2007. 5. Super resolution microscoy. Naure Collection. May 2018. https://www.nature.com/collections/vvfdnjgfrj 6. Superresolution imaging using single-molecule localization. Patterson, G. Davidson, M., Manley, S. and Lippincott-Schwartz, J. Annual Review of Physical Chemistry 61:345-367 (2010). | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | Işık mikroskobu, genel prensipler ve yaygın kullanılan yöntemler. |
| 2. Hafta | Fluoresan prensip ve mikroskop. |
| 3. Hafta | Çözünürlük problemi. |
| 4. Hafta | Yakın alan mikroskopisi |
| 5. Hafta | STED mikroskobu |
| 6. Hafta | PALM yöntemi |
| 7. Hafta | Ara sınav |
| 8. Hafta | Büyük örneklerin mikroskobik çözünürlükte taranması problemi |
| 9. Hafta | Multifoton yöntemi |
| 10. Hafta | CLARITY yöntemi |
| 11. Hafta | Light sheet mikroskobu |
| 12. Hafta | Yansıyan ışık (reflected light) yöntemi |
| 13. Hafta | Optogenetik |
| 14. Hafta | Cryo-EM |
| 15. Hafta | Genel tartışma |
| 16. Hafta | Final sınavı |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 14 | 5 |
| Laboratuar | 14 | 5 |
| Uygulama | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 1 | 20 |
| Sunum | 0 | 0 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 1 | 30 |
| Genel sınav | 1 | 40 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 29 | 60 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 1 | 40 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 14 | 2 | 28 |
| Uygulama | 0 | 0 | 0 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 14 | 6 | 84 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 0 | 0 | 0 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 1 | 30 | 30 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 1 | 20 | 20 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 1 | 40 | 40 |
| Toplam İş Yükü | 45 | 100 | 230 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Canlılar dünyasında molekül, hücre/doku/organ/sistem düzeyinde gerçekleşen olayların biyofiziksel temelleri hakkında bilgi sahibidir | X | ||||
| 2. Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme gibi üst düzey zihinsel süreçleri, eğitim süresinde kazandığı tecrübeyi Biyofizik alanında kullanabilir | |||||
| 3. Biyofizik alanındaki güncel araştırma konularının çözümüne katkı getirebilecek özgün bir araştırmada yer alabilir | X | ||||
| 4. Biyofizik alanının çok disiplinli bir alan olmasının farkındadır. Diğer tıp ve temel bilimleri kendi araştırma konusu kapsamında takip eder | |||||
| 5. Hakim olduğu temel veya ara düzeydeki yazılım programlarını ve deney araçlarını etkin şekilde kullanarak, uygun uyaranı üretme ve buna cevap olarak gelişen biyolojik sinyalleri en ideal şartlarda kayıt edip sonuç alıcı nicel analizler ve görseller üretme kapasitesine sahiptir. | X | ||||
| 6. İstatistiksel yöntemler hakkında uzman düzeyinde bilgi sahibidir. Çalışmaları için en uygun yöntemi seçip uygulayabilir | |||||
| 7. Etik ilkelerin, etik kurulların birey ve toplum için önemini bilir. Araştırmalarında, ILU, `Biyogüvenlik? prensiplerine uygun davranır | |||||
| 8. Yer aldığı araştırmanın raporunu yazabilme ve sunabilme kapasitesine sahiptir. Tez araştırmasına ait en az bir çalışmayı tam metin makale olarak yayınlar | |||||
| 9. Uzmanlık alanıyla ilgili ulusal ve uluslararası kuruluşların etkinliklerini takip eder ve bunlarda yer alır | |||||
| 10. Biyofizik alanında edindiği bilgileri toplumun her kesiminden paydaşlarıyla uygun iletişim araçlarını kullanarak paylaşır, bilgi toplumunun oluşumuna katkıda bulunur | |||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek