MİK717 - MİKROBİYOLOJİDE REAL TİME PCR UYGULAMALARI
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MİKROBİYOLOJİDE REAL TİME PCR UYGULAMALARI | MİK717 | 3. Yarıyıl | 2 | 2 | 3 | 4 |
| Önkoşul(lar)-var ise | ||||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Seçmeli | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Rapor Hazırlama ve/veya Sunma Gösteri Deney | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Prof. Dr. Alpaslan Alp | |||||
| Dersin amacı | Günümüz modern mikrobiyoloji laboratuvarlarında kullanılmakta olan en güvenilir moleküler yöntemlerden biri olan "Real-Time PCR", mikroorganizmaların hızlı tanısında büyük avantajlar sağlamaktadır. Hızlı tanının yanısıra, doğru kantitasyon imkanı da sağlaması nedeniyle, modern mikrobiyoloji eğitimine entegre edilmesi büyük katkılar sağlayacaktır. Bu ders hem teorik hem de pratik içeriğiyle, mikrobiyolojik tanıda "real-time PCR"'ın kullanım alanlarını ve uygulama şekillerini protokolleriyle birlikte öğrenciye sunacaktır. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | Günümüzde moleküler yöntemler modern mikrobiyolojinin vazgeçilmez bir parçası haline gelmiştir. Bu yöntemler içinde "real-time PCR" en fazla kulllanılan yöntem haline gelmiştir. Gerek rutin moleküler tanıda gerekse bilimsel çalışmalarda "real-time PCR" uygulamaları büyük avantajlar sağlamaktadır. Bu ders kapsamında "real-time PCR" temelleri anlatıldıktan sonra, kullanılan cihazlar, yazılımlar, primer ve problar hakkında detaylı bilgiler verilecektir. Farklı mikroorganizmaların "real-time PCR" ile saptanmasına yönelik pratik uygulamalar gerçekleştirilecektir. | |||||
| Kaynaklar | 1. Molecular Microbiology, Diagnostic Principles and Practice. 3rd ed. Eds. Persing DH, Tenover FC, Hayden RT, Ieven M, Miller MB, Nolte FS, Tang YW, van Belkum A. ASM Press, Washington DC, 2016. 2. Real Time PCR Handbook 2.0. Thermo Fisher Scientific, 2020. 3. Quantitative Real-Time PCR: Methods and Protocols. Eds. Biassoni R, Raso A. Humana Press, 2020. | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | ?Real-Time PCR? Temel Prensipleri |
| 2. Hafta | ?Real-Time PCR? Cihazları ve Yazılımları |
| 3. Hafta | Kantitasyon Stratejileri ve Veri Analizi |
| 4. Hafta | Primer ve Prob Tasarımı |
| 5. Hafta | ?SYBR Green? Boyası ile Real-Time PCR ve Erime Eğrisi Analizi |
| 6. Hafta | Floresan Rezonans Enerji Transferi |
| 7. Hafta | TaqMan Problarıyla ?Real-Time PCR? |
| 8. Hafta | ?Real-Time PCR" ile mutasyon saptanması |
| 9. Hafta | Hepatit virüslerinin kantitasyonunda "Real-Time PCR" |
| 10. Hafta | CMV kantitasyonunda "Real-Time PCR" |
| 11. Hafta | Olası sorunlar ve çözümleri |
| 12. Hafta | Öğrenci sunumları |
| 13. Hafta | Öğrenci sunumları |
| 14. Hafta | Tartışma |
| 15. Hafta | Genel sınava hazırlık |
| 16. Hafta | Genel sınav |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 0 | 0 |
| Laboratuar | 0 | 0 |
| Uygulama | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 |
| Sunum | 2 | 10 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 0 | 0 |
| Genel sınav | 1 | 90 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 1 | 10 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 1 | 90 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 14 | 2 | 28 |
| Uygulama | 0 | 0 | 0 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 14 | 2 | 28 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 2 | 12 | 24 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 | 0 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 0 | 0 | 0 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 1 | 12 | 12 |
| Toplam İş Yükü | 45 | 30 | 120 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Mikrobiyoloji alanında bütünlüklü, kanıta dayalı ve güncel bilimsel bilgi ve beceri edinir; alanındaki yenilikleri takip edebilir ve yenilik önerebilecek yetkinlik kazanır. | X | ||||
| 2. Bilimsel araştırmaların planlanması, araştırma teknikleri ve istatistiksel değerlendirme için kanıta dayalı bilgiyi kullanır, projeler geliştirir, gerçekleştirir ve sonuçlarını yayınlar/ sunar. | X | ||||
| 3. Bilimsel çalışma etiği hakkında farkındalığı, duyarlılığı ve yasal düzenlemeler ile ilgili bilgisi vardır. | X | ||||
| 4. Bilimsel araştırmaları eleştirel şekilde analiz edebilme ve ileri düzeyde değerlendirebilme yetisi kazanır. | X | ||||
| 5. Bilimsel okumalar/araştırmalar sonucunda edindiği bilgileri/elde ettiği verileri topluluk karşısında sunabilir. | X | ||||
| 6. Bilimsel bilgiye ulaşmada kütüphane, e-kaynaklar ve anabilim dalının üye olduğu e-dergileri kullanır. | X | ||||
| 7. Bilgisayar dâhil teknolojik araçlar hakkında sağlık alanının gerektirdiği düzeyde bilgi sahibidir. | X | ||||
| 8. Mikrobiyoloji laboratuvarlarını iyi laboratuvar uygulamaları ve biyogüvenlik kurallarına uygun şekilde kullanır ve kalite gelişimine katkı verir. | X | ||||
| 9. Alanındaki farklı disiplinlerin amacını ve etkileşimini kavrar, karmaşık sorunların çözümünde rol alabilir. | X | ||||
| 10. Mesleki ortamlarda (ulusal ve uluslararası) profesyonel ilişkiler kurabilir ve bilgilerini düzenli olarak paylaşır. | X | ||||
| 11. Ulusal ve uluslararası projelerde rol alır, interdisipliner araştırmalar yapar. | X | ||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek