BİF665 - BİYOİNFORMATİK ANALİZLER İÇİN LİNUX İŞLETİM SİSTEM
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BİYOİNFORMATİK ANALİZLER İÇİN LİNUX İŞLETİM SİSTEM | BİF665 | 1. Yarıyıl | 2 | 2 | 3 | 9 |
| Önkoşul(lar)-var ise | ||||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Seçmeli | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Tartışma Soru-Yanıt Proje Tasarımı/Yönetimi | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Dr. Öğretim Üyesi İdil Yet, Dr. Öğretim Üyesi Ceren Sucularlı, Dr.Öğr.Gör. Gülşah Merve Kılınç | |||||
| Dersin amacı | Bu ders Bilgisayar Biliminde lisans dersi olarak Linux kabuk (bash) programlama araçları hakkında verilmektedir. Ders Linux işletim sistemine genel bir bakış verir, kullanıcılara ve programcılara sağlanan araçları tanıtır. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | Ders, Linux işletim sisteminin geniş bir görünüşünü sunarken, dersin odaklandığı ana konular Bash programlama ve biyoinformatik uygulamalarıdır. Öğrenciler, işletim sisteminde komut ve betik programlamayı ve kullanmayı pratik olarak öğrenecek ve Linux ortamını tanıyacaktır. Öğrencilerden, dönem projesi kapsamında uygun teknik kod yazma becerilerini geliştirmeye yönelik bir betik biyoinformatik programlama projesi istenecektir. | |||||
| Kaynaklar | Linux Command Line and Shell Scrıptıng Bible, Richard Blum, Wiley | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | Linux sistemine giriş: Başlarken |
| 1. Hafta | Introduction to Linux |
| 2. Hafta | Bash programming |
| 2. Hafta | Linux sistemine giriş: Dosya sistemi; komut satırı arayüzü |
| 3. Hafta | Linux sistemine giriş: Dosya sistemi; komut satırı arayüzü |
| 3. Hafta | Bash programming |
| 4. Hafta | Bash kabuğu |
| 4. Hafta | Bash programming |
| 5. Hafta | Bash programming |
| 5. Hafta | Bash kabuk programlama I |
| 6. Hafta | Bash programming |
| 6. Hafta | Bash kabuk programlama II |
| 7. Hafta | Midterm |
| 7. Hafta | Arasınav |
| 8. Hafta | R |
| 8. Hafta | R |
| 9. Hafta | SRA tools ile veri indirme Fastqc ile verinin kalitesinin incelenmesi Bwa/bowtie/STAR ile Genom Verisi, Özellikleri ve Referansa Hizalanması |
| 9. Hafta | SRA tools/ Bwa |
| 10. Hafta | Samtools/Bamtools Genom Verisinden Varyantların Tespit Edilmesi |
| 10. Hafta | Samtools/Bowtie |
| 11. Hafta | Plink - frekans ve maf hesaplama |
| 11. Hafta | Samtools/Bowtie |
| 12. Hafta | Midterm |
| 12. Hafta | Arasınav |
| 13. Hafta | Linux serverda çalıştırılması - İfade Farklılık Gösteren Genlerin Analizi (callipso, cufflinks,deseq2) |
| 13. Hafta | Plink |
| 14. Hafta | Linux serverda çalıştırılması İfade Farklılık Gösteren Genlerin Analizi (cummerbund ile R'da görselleştirme) |
| 14. Hafta | Plink |
| 15. Hafta | Preparation to Final exam |
| 15. Hafta | Sınava Hazırlık |
| 16. Hafta | Final |
| 16. Hafta | Final |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 0 | 0 |
| Laboratuar | 0 | 0 |
| Uygulama | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 |
| Sunum | 0 | 0 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 2 | 50 |
| Genel sınav | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 1 | 50 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 0 | 0 | 0 |
| Uygulama | 14 | 2 | 28 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 14 | 2 | 28 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 0 | 0 | 0 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 | 0 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 2 | 50 | 100 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 45 | 2 | 90 |
| Toplam İş Yükü | 89 | 58 | 274 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Science Direct, PubMed, ISI gibi elektronik veri tabanlarını, basılı kitap ve süreli yayınları amacına yönelik olarak kullanabilmelidir. | X | ||||
| 2. Temel biyoinformatik analiz yöntemlerini bilecek ve araştırmalarda uygun şekilde kullanacaktır. | X | ||||
| 3. Biyoinformatik disiplinler arası bir bilim olduğundan, grup çalışma düzenine uyum sağlayabilecek ve diğer kişiler ile iyi iletişim kurabilecek, onların sorunlarını anlayabilecektir. | X | ||||
| 4. Internet kullanımı, alanındaki yenilikleri takip edebilecek ve istediği bilgiye ulaşabilecek düzeyde olmalı, kütüphane kaynaklarına erişimi ise üst düzeyde olmalıdır. | X | ||||
| 5. Teknik-bilimsel gelişimi için ders projeleri hazırlayacak, seminerler ve genetik analizler için danışmanlık hizmetleri verecek, makale tartışması, kongre ve kurslara katılacaktır. | X | ||||
| 6. Güncel gelişmelerin etkisini kendi araştırma konusu dışında da gözleyebilecektir. | X | ||||
| 7. [R], Linux ve Python gibi programlama dillerini ve programları kullanabilecektir. Temel programcılık mantığını bilecektir. | X | ||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek