BİK741 - PROTEİN ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PROTEİN ARAŞTIRMA TEKNİKLERİ | BİK741 | Herhangi Yarıyıl/Yıl | 2 | 6 | 5 | 12 |
| Önkoşul(lar)-var ise | BİK603 Biyokimyaya Giriş: Yapılar ve Kataliz dersini almış olmak veya MD-PhD öğrencisi olmak. | |||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Zorunlu | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Tartışma Gözlem Rapor Hazırlama ve/veya Sunma Gösteri Deney Uygulama-Alıştırma Örnek Olay İncelemesi Sorun/Problem Çözme | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Prof. Dr. Ebru Bodur, Dr. Esra Büber | |||||
| Dersin amacı | Öğrencilerin protein saflaştırılması ve tanımlanması konulu araştırmalar yapabilmesi için gerekli bilgi ve deneyim kazanması beklenmektedir. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | Protein saflaştırılması ve tanımlanması konusunda teorik ve pratik bilgiler. | |||||
| Kaynaklar | 1) Methods in Enzymology, ilgili ciltler 2) Güncel dergilerdeki ilgili araştırma makaleleri. | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | Araştırma etiği; ölçü birimleri; ölçü belirsizliği, anlamlı rakamlar, standart hata ve standart sapma; problem çözümü |
| 2. Hafta | Laboratuar güvenliği (kimyasal, fiziksel, biyolojik); su ve özellikleri; kimyasal maddelerin özellikleri ve saklama koşulları; problem çözümü |
| 3. Hafta | Çözelti derişimi; çözelti hazırlama yöntemleri; biyokimya araştırma laboratuvarında sık kullanılan çözeltilerin hazırlanması; iyonlar ve iyonik denge; asit, baz ve tamponlar; problem çözümü |
| 4. Hafta | Amino asitler, proteinler ve enzimlerle ilgili bilgiler; enzim aktivitesi ölçüm yöntemleri: son ürün, kinetik ve kenetlenmiş ölçüm yöntemleri; problem çözümü |
| 5. Hafta | Protein ölçüm yöntemleri: spektrofotometrik, kolorimetrik, fluorometrik, boya bağlama yöntemleri; problem çözümü |
| 6. Hafta | Doku ve hücre homojenizasyonu teknikleri; Prokaryot ve ökaryot hücrelerin ve hücre organellerinin protein saflaştırma amacıyla kullanılması; problemler |
| 7. Hafta | Deterjanlar, proteaz inhibitörleri, enzim aktivitesinin korunması; santrifügasyon teknikleri, problemler |
| 8. Hafta | Protein saflaştırılmasında fizikokimyasal yöntemler: amonyum sülfat, asit ve ısı muamelesiyle protein kesitlemesi; problemler |
| 9. Hafta | Kromatografi hakkında genel bilgi; jel filtrasyonu, anyon ve katyon değiştirici kromatografi, hidrofobik kromatografi; problemler |
| 10. Hafta | Afinite kromatografisi, kromatofokuslama, HPLC, ters faz kromatografisi; saflaştırma tablosu hazırlanması; problemler |
| 11. Hafta | Elektroforez, İzoelektrik odaklama, Western blotlama; problemler |
| 12. Hafta | Kütle spektrometresi; problemler |
| 13. Hafta | Bilgisayar uygulaması: protein saflaştırma |
| 14. Hafta | Laboratuar Çalışması (56): çözeltilerin hazırlanması, doku/hücre örnekleri hazırlanması, protein saflaştırma (fizikokimyasal metodlar) |
| 15. Hafta | Laboratuar Çalışması: Protein saflaştırılması (kromatografik yöntemler), özelliklerinin incelenmesi, çalışmaların değerlendirilmesi. |
| 16. Hafta | Genel sınav |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 0 | 0 |
| Laboratuar | 10 | 30 |
| Uygulama | 13 | 10 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 1 | 10 |
| Sunum | 0 | 0 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 0 | 0 |
| Genel sınav | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 24 | 50 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 14 | 4 | 56 |
| Uygulama | 14 | 1 | 14 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 14 | 15 | 210 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 1 | 12 | 12 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 1 | 10 | 10 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 0 | 0 | 0 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü | 59 | 74 | 360 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Biyokimya alanında ileri düzeyde kuramsal ve uygulamalı bilgiye sahiptir ve bunları geliştirir. | X | ||||
| 2. Profesyonel etik (fikri mülkiyet hakkı, akademik dürüstlük, insan ilişkilerinde etik: ayırımcılık yapmama, liyakat, özel hayata saygı vb) ile araştırma ve yayın etiği konularını bilir ve uygular. | X | ||||
| 3. Belirli bir konuda güncel literatürdeki bilgileri derleyip analiz ederek özgün bir hipotez geliştirir ve buna dayalı proje yazar. | X | ||||
| 4. Biyokimya alanına özgü cihazlara, yöntemlere ve bilgisayar dahil diğer teknolojik araçların kullanımına ileri düzeyde hakimdir ve projeler kapsamında bunları uygular. | X | ||||
| 5. Projeye dayalı bir bilimsel çalışmayı baştan sona bağımsız olarak yürütür, sonuçlandırır, elde ettiği sonuçları uygun istatistik yöntemlerini kullanarak değerlendirir ve alanındaki ilerlemeye katkıda bulunur. | X | ||||
| 6. Alanında kanıta dayalı uygulamaları takip eder, araştırmalar yapar ve toplum yararına kullanılabilecek bilgi üretimine katkıda bulunur. | X | ||||
| 7. Yaptığı/katıldığı araştırmanın raporunu yazar, hakemli bir dergide yayımlayarak ve bilimsel toplantılarda sunarak evrensel bilgi birikimine katkıda bulunur. | X | ||||
| 8. Çalışma alanı ile ilgili bilimsel sorunlara alternatif çözümler önerebilir, yeni bilgileri eleştirel bir gözle analiz eder ve değerlendirir. | X | ||||
| 9. Yurt içi ve dışı multidisipliner çalışmalarda araştırmacı ya da lider olarak yer alır ve etkili iletişim kurarak bilimsel tartışmalarda özgün fikirlerini ifade eder ve geri bildirim verir. | X | ||||
| 10. Bir araştırma laboratuvarını tek başına idare edebilecek ve stratejik kararlar alabilecek kadar yöneticilik ve eğiticilik özelliklerine sahiptir. | X | ||||
| 11. Kendini sürekli geliştirme çabası içindedir ve yeniliklere açıktır. | X | ||||
| 12. Gerektiğinde daha önce uygulamadığı bir yöntemi kurgulayıp uygulayabilir. | X | ||||
| 13. Anadiline hakimdir, kendini düzgün bir şekilde ifade ederek ileri düzeyde yazılı, sözlü ve görsel iletişim kurar ve tartışır. | X | ||||
| 14. Alanıyla ilgili gelişmeleri takip edip sözlü / yazılı katkıda bulunabilecek düzeyde İngilizce bilir ve kullanır. | X | ||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek