BİF661 - BİYOİNFORMATİĞE GİRİŞ
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BİYOİNFORMATİĞE GİRİŞ | BİF661 | 2. Yarıyıl | 2 | 2 | 3 | 7 |
| Önkoşul(lar)-var ise | YOK | |||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Seçmeli | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Tartışma | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Doç.Dr.Ceren Sucularlı, Prof. Dr. Erdem Karabulut, Dr.Öğr.Üyesi Arda Çetinkaya, Dr.Öğr.Üyesi Gülşah Merve Kılınç | |||||
| Dersin amacı | Biyoinformatik araştırmalarda çalışmayı hedefleyen öğrencilerin başlangıç dersi olacaktır. Ders içerikleri farklı disiplinlerden gelen öğrencilerin ihtiyaç duyacakları konuları içermektedir. Genel Biyoinformatik kavramları, temel biyolojik bilgi, istatistiksel analiz yöntemleri ana hatlarıyla öğrencilere kavratılır. Bu amaçla fenomiks, genomiks, transkriptomiks proteomiks, metabolomiks ve farmakogenetik yöntemler anlatılır. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | ? Genel Hücre ve Biyomolekül Bilgisi, ? Fenomiks, Genomiks ve Teknolojileri, ? Transkriptomiks ve Teknolojileri, ? Proteomiks, Metabolomiks, ? Farmakogenetik, | |||||
| Kaynaklar | 1. P.M. Selzer , R.J. Marhöfer , A. Rohwer ,2008, Applied Bioinformatics : An Introduction Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2. David Posada,Editor, 2009, Bioinformatics for DNA Sequence Analysis Humana Press, a part of Springer ScienceşBusiness Media, LLC 3. Zoc Lacroix and Terence Critchlow, Editor, 2003, Bioinformatics: Managing Scientific Data, Elsevier Science (USA) 4. Rune Matthiesen, 2010, Bioinformatics Methods in Clinical Research, Humana Press, A part of Springer Science+Business Media, LLC 5. Andreas D. Baxevanis , B. F. Francis Ouellette, 2001, BIOINFORMATICS A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, John Wiley & Sons, Inc. | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | Biyomolekül Bilgisi |
| 2. Hafta | Fenomiks |
| 3. Hafta | Genomiks: Bağlantı (Linkage) Analizi |
| 4. Hafta | Genomiks: İlişki (Association) Analizi |
| 5. Hafta | Genomiks: Dizileme Teknolojileri |
| 6. Hafta | Genomiks: Varyant Önceliklendirme |
| 7. Hafta | Transkriptomiks |
| 8. Hafta | Ara Sınav |
| 9. Hafta | Transkriptomiks ve Teknolojileri |
| 10. Hafta | Proteomik |
| 11. Hafta | Metabolomik |
| 12. Hafta | Farmakogenetik |
| 13. Hafta | Farmakogenetik- Uygulamalar |
| 14. Hafta | Omiks teknolojileri uygulama örnekleri, makale tartışma |
| 15. Hafta | Genel Sınava Hazırlık |
| 16. Hafta | Sınav |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 0 | 0 |
| Laboratuar | 0 | 0 |
| Uygulama | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 |
| Sunum | 0 | 0 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 1 | 50 |
| Genel sınav | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 0 | 50 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 0 | 50 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 14 | 2 | 28 |
| Laboratuvar | 0 | 0 | 0 |
| Uygulama | 14 | 2 | 28 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 14 | 7 | 98 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 0 | 0 | 0 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 0 | 0 | 0 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 1 | 10 | 10 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 1 | 46 | 46 |
| Toplam İş Yükü | 44 | 67 | 210 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Kalıtsal metabolik hastalıkların tanı ve tedavi monitorizasyonunda kullanılan ileri düzey analitik kimya ve moleküler genetik alanlarında laboratuvar çalışmalarını yapabilecek bilgi ve beceriye sahip bilim insanı olarak yetişir. | X | ||||
| 2. Program yeterlilikleri için gerekli olan şartları program sonunda yapmış olduğu laboratuvar çalışmaları ve ders programı sonunda elde ettiği teorik bilgiler, tez çalışması ve katıldığı uygulamalı çalışmalar sonucunda kazanır ve bağımsız araştırıcı olarak çalışmalarına devam edebilir. | X | ||||
| 3. Laboratuvar çalışmalarında biyogüvenlik kurallarına uygun çalışarak iyi laboratuvar uygulamalarını bilir ve gözetir. Kalıtsal metabolik hastalıkların tanısında kullanılan birinci basamak ve ileri düzey metabolik testler ile genetik testleri yorumlayacak temel bilgi düzeyine sahiptir. | X | ||||
| 4. Kalıtsal metabolik hastalıkların tanımlanmasında ülkemiz koşullarına uygun yeni metodolojilerin geliştirilmesini sağlar, metabolik hastalıklar ile ilgili tarama programlarının geliştirilmesi ile ilgili yöntem ve metodları geliştirebilir. | X | ||||
| 5. Biyokimyasal genetik alanında özgün araştırma planlayıp uygulayabilen donanımlı bilim adamı olarak bilgisini eleştirel şekilde sorgular, takım çalışmalarında ve bireysel çalışma hayatında etik değerlere uygun hareket eder. | X | ||||
| 6. Metabolizma çalışmaları multidisipliner araştırmaları gerektirir. Bu alan biyokimyasal genetik olarak tanımlanır ve ağırlıklı araştırma yöntemi olarak moleküler genetik, analitik kimya, biyokimya, genetik ve moleküler hücre biyolojisi alanlarının pek çok uygulamasını iç içe uygulamayı gerektirir. Program sonunda mezun bu alanların temel teorik altyapısına ve laboratuvar ve uygulamalı araştırma yapma deneyimine sahip olur. | X | ||||
| 7. Kalıtsal metabolik hastalıklar konusunda disiplinlerarası ekip çalışmasına uygun bir araştırma ve uygulama ortamında çalışır. Farklı disiplinlerin getirmiş olduğu avantajları üst üste çakıştırarak üst düzey ve bilimsel etkisi yüksek araştırmalar planlar ve uygular. | X | ||||
| 8. Moleküler metabolizma alanında uluslararası gelişmeleri ve literatürü takip eder. | X | ||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek