MET704 - KALITSAL HASTALIKLARDA MİKROARRAY UYGULAMALARI
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| KALITSAL HASTALIKLARDA MİKROARRAY UYGULAMALARI | MET704 | 1. Yarıyıl | 2 | 2 | 3 | 8 |
| Önkoşul(lar)-var ise | ||||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Seçmeli | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Tartışma Soru-Yanıt Rapor Hazırlama ve/veya Sunma Deney Sorun/Problem Çözme Proje Tasarımı/Yönetimi | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Prof.Dr. R. Köksal Özgül | |||||
| Dersin amacı | Mikroarray teknolojilerini ve bunların kalıtsal hastalıklarda yüksek ölçekli genom taraması, genotiplendirme, DNA yeniden dizilemesi ve gen ekspresyon çalışmalarında kullanılmasını öğretmeyi amaçlayan bir derstir. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | I. Yüksek ölçekli mikroarray teknolojileri, II. DNA yeniden dizileme çipleri, ekspresyon çipleri, SNP çipleri, çiplere ait veri analizleri, III. Biyoinformatik araçlar ve biyolojik veritabanlarının kullanımı | |||||
| Kaynaklar | 1. Bioinformatics, A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Andreas D. Baxevanis and B.F. Francis Ouellette, Wiley- Interscience Inc. New York, 1998 2. Microarray Analysis, Mark Schena, John Wiley&Sons Inc, New Jersey, 2003 3. A Beginner's Guide to microarrays, Eric Blalock, Kluwer Academic Pub. Group., Norwell, Massachusetts, 2003 | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | Array teknolojileri |
| 2. Hafta | DNA, cDNA, RNA analiz arrayleri |
| 3. Hafta | SNP mikroarrayler |
| 4. Hafta | Mikroarray deneylerinin dizaynı, custom dizayn array geliştirme |
| 5. Hafta | Ara sınav |
| 6. Hafta | DNA dizilerinin seçimi, homolog dizi taraması |
| 7. Hafta | DNA yeniden dizileme mikroarray yöntemi |
| 8. Hafta | DNA yeniden dizileme mikroarray yöntemi ile metabolik hastalıkların tanısı |
| 9. Hafta | Yeniden DNA dizileme mikroarray yöntemi ile metabolik hastalıkların tanısı, Mikroarrayler ile genetik tarama ve tanı, klinikte kullanım |
| 10. Hafta | Ara sınav |
| 11. Hafta | Ekspresyon arrayleri |
| 12. Hafta | Mikroarray tekniklerinin kullanıldığı deneylerde veri analizi için kullanılan yöntemler, bilgisayar yazılımlarının kullanılması |
| 13. Hafta | In silico array analizleri , biyolojik veri tabanları |
| 14. Hafta | Hastalık, mutasyon, SNP veritabanları, Biyoinformatik yolla karşılaştırmalı veri analizi |
| 15. Hafta | DNA, protein dizi arama, homoloji taraması,genom veri tabanlarının kullanımı |
| 16. Hafta | Final Sınavı |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 0 | 0 |
| Laboratuar | 6 | 30 |
| Uygulama | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 2 | 10 |
| Sunum | 2 | 10 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 2 | 20 |
| Genel sınav | 1 | 30 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 0 | 70 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 0 | 30 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 16 | 2 | 32 |
| Laboratuvar | 16 | 3 | 48 |
| Uygulama | 0 | 0 | 0 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 16 | 2 | 32 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 2 | 20 | 40 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 2 | 10 | 20 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 2 | 10 | 20 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü | 55 | 67 | 212 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Kalıtsal metabolik hastalıkların tanı ve tedavi monitorizasyonunda kullanılan ileri düzey analitik kimya ve moleküler genetik alanlarında laboratuvar çalışmalarını yapabilecek bilgi ve beceriye sahip bilim insanı olarak yetişir. | X | ||||
| 2. Program yeterlilikleri için gerekli olan şartları program sonunda yapmış olduğu laboratuvar çalışmaları ve ders programı sonunda elde ettiği teorik bilgiler, tez çalışması ve katıldığı uygulamalı çalışmalar sonucunda kazanır ve bağımsız araştırıcı olarak çalışmalarına devam edebilir. | X | ||||
| 3. Laboratuvar çalışmalarında biyogüvenlik kurallarına uygun çalışarak iyi laboratuvar uygulamalarını bilir ve gözetir. Kalıtsal metabolik hastalıkların tanısında kullanılan birinci basamak ve ileri düzey metabolik testler ile genetik testleri yorumlayacak temel bilgi düzeyine sahiptir. | X | ||||
| 4. Kalıtsal metabolik hastalıkların tanımlanmasında ülkemiz koşullarına uygun yeni metodolojilerin geliştirilmesini sağlar, metabolik hastalıklar ile ilgili tarama programlarının geliştirilmesi ile ilgili yöntem ve metodları geliştirebilir. | X | ||||
| 5. Biyokimyasal genetik alanında özgün araştırma planlayıp uygulayabilen donanımlı bilim adamı olarak bilgisini eleştirel şekilde sorgular, takım çalışmalarında ve bireysel çalışma hayatında etik değerlere uygun hareket eder. | X | ||||
| 6. Metabolizma çalışmaları multidisipliner araştırmaları gerektirir. Bu alan biyokimyasal genetik olarak tanımlanır ve ağırlıklı araştırma yöntemi olarak moleküler genetik, analitik kimya, biyokimya, genetik ve moleküler hücre biyolojisi alanlarının pek çok uygulamasını iç içe uygulamayı gerektirir. Program sonunda mezun bu alanların temel teorik altyapısına ve laboratuvar ve uygulamalı araştırma yapma deneyimine sahip olur. | X | ||||
| 7. Kalıtsal metabolik hastalıklar konusunda disiplinlerarası ekip çalışmasına uygun bir araştırma ve uygulama ortamında çalışır. Farklı disiplinlerin getirmiş olduğu avantajları üst üste çakıştırarak üst düzey ve bilimsel etkisi yüksek araştırmalar planlar ve uygular. | X | ||||
| 8. Moleküler metabolizma alanında uluslararası gelişmeleri ve literatürü takip eder. | X | ||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek