MET704 - KALITSAL HASTALIKLARDA MİKROARRAY UYGULAMALARI
| Dersin Adı | Kodu | Yarıyılı | Teori (saat/hafta) |
Uygulama (saat/hafta) |
Yerel Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|---|
| KALITSAL HASTALIKLARDA MİKROARRAY UYGULAMALARI | MET704 | 3. Yarıyıl | 2 | 2 | 3 | 8 |
| Önkoşul(lar)-var ise | ||||||
| Dersin Dili | Türkçe | |||||
| Dersin Türü | Seçmeli | |||||
| Dersin verilme şekli | Yüz yüze | |||||
| Dersin öğrenme ve öğretme teknikleri | Anlatım Tartışma Soru-Yanıt Rapor Hazırlama ve/veya Sunma Deney Sorun/Problem Çözme Proje Tasarımı/Yönetimi | |||||
| Dersin sorumlusu(ları) | Prof.Dr. R. Köksal Özgül | |||||
| Dersin amacı | Mikroarray teknolojilerini ve bunların kalıtsal hastalıklarda yüksek ölçekli genom taraması, genotiplendirme, DNA yeniden dizilemesi ve gen ekspresyon çalışmalarında kullanılmasını öğretmeyi amaçlayan bir derstir. | |||||
| Dersin öğrenme çıktıları |
| |||||
| Dersin içeriği | I. Yüksek ölçekli mikroarray teknolojileri, II. DNA yeniden dizileme çipleri, ekspresyon çipleri, SNP çipleri, çiplere ait veri analizleri, III. Biyoinformatik araçlar ve biyolojik veritabanlarının kullanımı | |||||
| Kaynaklar | 1. Bioinformatics, A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Andreas D. Baxevanis and B.F. Francis Ouellette, Wiley- Interscience Inc. New York, 1998 2. Microarray Analysis, Mark Schena, John Wiley&Sons Inc, New Jersey, 2003 3. A Beginner's Guide to microarrays, Eric Blalock, Kluwer Academic Pub. Group., Norwell, Massachusetts, 2003 | |||||
Haftalara Göre İşlenecek Konular
| Haftalar | Konular |
|---|---|
| 1. Hafta | Array teknolojileri |
| 2. Hafta | DNA, cDNA, RNA analiz arrayleri |
| 3. Hafta | SNP mikroarrayler |
| 4. Hafta | Mikroarray deneylerinin dizaynı, custom dizayn array geliştirme |
| 5. Hafta | Ara sınav |
| 6. Hafta | DNA dizilerinin seçimi, homolog dizi taraması |
| 7. Hafta | DNA yeniden dizileme mikroarray yöntemi |
| 8. Hafta | DNA yeniden dizileme mikroarray yöntemi ile metabolik hastalıkların tanısı |
| 9. Hafta | Yeniden DNA dizileme mikroarray yöntemi ile metabolik hastalıkların tanısı, Mikroarrayler ile genetik tarama ve tanı, klinikte kullanım |
| 10. Hafta | Ara sınav |
| 11. Hafta | Ekspresyon arrayleri |
| 12. Hafta | Mikroarray tekniklerinin kullanıldığı deneylerde veri analizi için kullanılan yöntemler, bilgisayar yazılımlarının kullanılması |
| 13. Hafta | In silico array analizleri , biyolojik veri tabanları |
| 14. Hafta | Hastalık, mutasyon, SNP veritabanları, Biyoinformatik yolla karşılaştırmalı veri analizi |
| 15. Hafta | DNA, protein dizi arama, homoloji taraması,genom veri tabanlarının kullanımı |
| 16. Hafta | Final Sınavı |
Değerlendirme Sistemi
| Yarıyıl içi çalışmaları | Sayısı | Katkı Payı % |
|---|---|---|
| Devam (a) | 0 | 0 |
| Laboratuar | 6 | 30 |
| Uygulama | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 |
| Derse Özgü Staj (Varsa) | 0 | 0 |
| Ödevler | 2 | 10 |
| Sunum | 2 | 10 |
| Projeler | 0 | 0 |
| Seminer | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar | 2 | 20 |
| Genel sınav | 1 | 30 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı | 0 | 70 |
| Yarıyıl Sonu Sınavının Başarı Notuna Katkısı | 0 | 30 |
| Toplam | 100 | |
AKTS (Öğrenci İş Yükü) Tablosu
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi | Toplam İş Yükü |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi | 16 | 2 | 32 |
| Laboratuvar | 16 | 3 | 48 |
| Uygulama | 0 | 0 | 0 |
| Derse özgü staj (varsa) | 0 | 0 | 0 |
| Alan Çalışması | 0 | 0 | 0 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön Çalışma, pekiştirme, vb) | 16 | 2 | 32 |
| Sunum / Seminer Hazırlama | 2 | 20 | 40 |
| Proje | 0 | 0 | 0 |
| Ödevler | 2 | 10 | 20 |
| Ara sınavlara hazırlanma süresi | 2 | 10 | 20 |
| Genel sınava hazırlanma süresi | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü | 55 | 67 | 212 |
Dersin Öğrenme Çıktılarının Program Yeterlilikleri İle İlişkilendirilmesi
| D.9. Program Yeterlilikleri | Katkı Düzeyi* | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |
| 1. Temel immünoloji alanında bilgi sahibidir. Seminer verebilir, ders anlatabilir, bir başka merkezde immünoloji laboratuarı kurup çalıştırabilecek düzeyde laboratuar bilgisine sahiptir. Bağımsız araştırma planlayıp uygular, bilimsel dergilerde makale yayınlar, yurt içi ve yurtdışı bilimsel toplantılarda çalışmalarını bildirip yenilikleri takip eder ve ileriye yönelik varsayımlarda bulunur. | X | ||||
| 2. Yaptığı çalışmalarda elde ettiği verileri hakemli dergilerde yayın haline getirir, yayının ne içermesi gerektiğini ve verilerin nasıl sunulacağını bilir. | X | ||||
| 3. İmmünoloji alanında yeni ortaya çıkan bulguların analiz, sentez ve değerlendirmesini yapabilir. | X | ||||
| 4. Gen düzeyindeki çalışmalarda aday genin yapısını literatür bilgilerinden öğrenip dizi analizleriyle gösterir, çeşitli immünolojik bozukluklarda bozukluğa neden olabilecek olası genleri araştırır, immünolojik ve genetik temel yöntemleri kullanarak onları kurduğu hipoteze göre çözümler. Elindeki verileri yorumlayarak bir sonuca ulaşır ve bu sonuçları yayın haline getirir. | X | ||||
| 5. Çalıştığı konu ile ilgili temel bilgilere sahiptir, enstrümantal ve immünolojik verileri yorumlayarak pratik çalışmaya yönelik öngörüler ortaya koyar ve literatür bilgileri ile beraber çözüme ulaşır. Laboratuar çalışmalarında karşılaştığı problemlere çözüm üretir, metotlarda gerekli değişiklikleri yapar ve bu problemleri kendisi çözer veya çözüm için gerekli araştırmacılarla iletişim kurabilir, daha genç araştırıcılara da yol gösterir. | X | ||||
| 6. Bilimsel etik, insan ve hayvanlar üzerinde yapılacak deneyler için gerekli etik düzenlemeleri bilir ve yerine getirir. | X | ||||
| 7. Bir projeye katılmanın yanı sıra laboratuarda aktif olarak çalışır, raporları hazırlar verileri bilimsel düzeyde sunar ve bir hakemli dergide yayınlar. Projenin bütçeleme ve satın alma aşamalarında aktif çalışır. | X | ||||
*1 En düşük, 2 Düşük, 3 Orta, 4 Yüksek, 5 Çok yüksek